磺化Cy3是Cy3(Cyanine 3)的水溶型。它的光谱性质和Cy3相似，在荧光显微镜下发橘黄色荧光。它的荧光很亮，而且对pH不灵敏，一般能用530nm-561nm的激光束激起然后用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片调查，所以在绝大部分荧光仪器上都能够正常的运用。符号后，样品布景荧光一般以为比TAMRA等系列的染料低。 磺化Cy3可拿来符号蛋白，抗体，多肽，核酸等各种生物分子。

  马来酰亚胺(maleimide)是生物符号反响中常用的基团，它能够和巯基(-SH)经过亲和加成反响生成安稳的巯醚(thioester)结构以此来完成符号。虽然胺基(比方赖氨酸精氨酸侧链)也有亲和性，但在中性或微酸性缓冲液中，马来酰亚胺挑选性符号巯基(反响速度比胺基快1000倍)。符号反响反响敏捷，挑选性高，产率好，别的，巯基是一种在生物分子中广泛存在的官能团，比方蛋白中的半胱氨酸(cysteine)和双硫键等，因而马来酰亚胺/巯基(maleimide/thiol)符号已成为仅次于NHS/胺基符号的常用生物连接反响(bioconjugation)。

  磺化Cy3-马来酰亚胺的水溶性*高，所以在符号反响中不需要用有机共溶剂，很合适符号对有机溶剂灵敏的生物分子。别的磺化Cy3水溶性*好，而且染料分子自身带电荷，符号到生物分子外表后不会引发疏水性集合，进步荧光符号产品的安稳性。磺化Cy3-马来酰亚胺也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，符号反响也能够在纯有机溶剂中进行

  · 磺化Cy3水溶性高，*性强，如需脂溶性符号染料，请挑选一般Cy3-马来酰亚胺。

  · 天然生物分子中巯基一般于氧化状况(如双硫键)存在，在马来酰亚胺符号前，必须用还原剂(如DTT，TCEP)活化巯基并除掉剩余还原剂。

  · 符号反响不要放在强光下，由于大部分荧光化合物在强光下长期照耀会缓慢光流浪(photobleaching)。